Prin activitatea Complexului Hidroenergetic Nistrean (CHN) s-a indus un impact negativ asupra mediului, inclusiv asupra vieții plantelor și animalelor din regiune, generându-se efecte directe, indirecte, dar și cumulative atât în mediul acvatic, cât și în ecosistemele riverane râului, arată un studiu UNDP.

Astfel, prin scăderea zonelor inundabile din valea Nistrului, îndeosebi din Nistrul Inferior (diminuarea albiilor vechi, bazinelor de apă, zonelor umede, coborârea nivelului freatic în aceste regiuni etc.), în combinație cu aridizarea climei (prezența secetelor îndelungate) pot fi afectate pădurile inundabile (arborete de salcie, desișuri de răchită, arborete de plop în amestec cu alte specii caracteristice zonelor umede).

Prin reducerea debitelor, inclusiv a celor de primăvară, diminuarea conectivității laterale a râului, CHN a contribuit la o pierdere de habitat pentru speciile dependente de apă, pe o suprafață de circa 535 ha (corespunzătoare zonelor umede care erau inundate periodic înaintea construcţiei Complexului Hidroenergetic Nistrean în Sectorul Median al Nistrului şi care au încetat a mai fi inundate după construcţia complexului). Deci, se estimează că CHN a cauzat o pierdere de aproximativ 3,6% din habitatul optim al acestor specii (valoare ce poate fi atribuită unui impact semnificativ).

În concluzie, studiul UNDP relevă că, poate fi considerat faptul că în urma construcţiei acestui complex şi a funcţionării lui în ultimii aproape 40 de ani, majoritatea componentelor biologice asociate fluviului Nistru au fost afectate, cu diferite nivele de magnitudine. În același timp, CHN va continua să genereze un impact semnificativ asupra acestor componente, în situaţia în care nu se implementează măsuri clare de reducere/atenuare a impactului şi de compensare a pierderilor.